Javascript/Jquery not being run. [Answered]

[Seapyramid]

My pages have been greatly changed from the original script.. but this is an idea of how I have JS incorporated & where it is placed

PHP Code:

// Permissions
//**************************************************
// <editor-fold defaultstate="collapsed" desc="Permissions">
if ($isloggedin != 'yes') {
    $article_title = $accden . "<br /><br />";
    $article_content = $reqlogin;
    // **********************************************************************
    // Begin Template Definition
    // **********************************************************************
    //Define our current theme
    $file = $themeurl;
    // Do the template changes and echo the ready template
    $template = file_get_contents($file);
    $template = str_replace(':ARTICLETITLE:',$article_title,$template);
    $template = str_replace(':ARTICLECONTENT:',$article_content,$template);
    $template = str_replace(':BROWSERTITLE:',$browsertitle,$template);
    $template = str_replace(':SITENAME:',$sitename,$template);
    echo $template;
    return;
    // **********************************************************************
    // End Template Definition
    // **********************************************************************
}
// </editor-fold>
//**************************************************
// POST Info
//**************************************************
// <editor-fold defaultstate="collapsed" desc="POST Info">
$act = $_POST["act"];
$rmto = $_POST["rmto"];
$rmfrom = $_POST["rmfrom"];
$ids = $_POST["ids"];
$order = $_POST["order"];
// </editor-fold>
// **********************************************************************
// End Prepwork - Output the page to the user
// This file lets a user mass move their adoptables...
// **********************************************************************
$article_content = '<script type="text/javascript">
<!--
function SetAllCheckBoxes(FormName, CheckValue) {
    var myform = document.forms[FormName];
    for (var i = 0; i < myform.length; i++) {
        if (myform.elements[i].type == "checkbox") {
            if (CheckValue) {
                myform.elements[i].checked = CheckValue;
            } else {
                myform.elements[i].checked = "";
            }
        }
    }
}
// -->
</script>';
switch ($act) {